Essa diferença acontece porque existem duas formas de criar aplicações Console no C# dentro do Visual Studio.
O Console com .NET Framework usa uma versão mais antiga da plataforma .NET, que por muito tempo foi o padrão para aplicações Windows. Já o Console sem .NET Framework normalmente usa o .NET mais recente (como .NET ou .NET Core), que é a versão mais moderna e multiplataforma da plataforma.
Na prática, para quem está aprendendo a lógica e a sintaxe do C#, quase não muda nada no código das aulas. A principal diferença está na plataforma que executa o programa, não na lógica que você escreve.
Então pode seguir as aulas sem problema. O importante é focar nos conceitos de programação que o professor está explicando. 🚀